Заклад веде історію від 30 липня 1994 року, коли його було створено як військовий госпіталь. 30 листопада 2019 року госпіталь отримав нинішню назву — Військово-медичний клінічний лікувально-реабілітаційний центр.
У грудні 2016 року на базі закладу відкрили відділення на 10 ліжок для завершального етапу медичної реабілітації, підготовки до протезування й адаптації військовослужбовців після ампутацій. Перших пацієнтів відділення прийняло 26 грудня 2016 року. У 2021 році АрміяInform називала його єдиним таким відділенням у системі медичних закладів Міноборони.
У лютому 2022 року хірурги центру вперше виконали високотехнологічні малоінвазивні операції — лапароскопічну нефректомію та усунення грижі стравохідного отвору діафрагми.