Батальйон сформовано 28 квітня 2014 року в Полтаві як 16-й батальйон територіальної оборони «Полтава» з мешканців Полтавщини. У 2014 році його підрозділи охороняли військові об'єкти на Полтавщині й Харківщині, посилювали прикордонників на Одещині, а з листопада 2014 року виконували завдання на Луганщині — в районах Щастя, Кримського та Станиці Луганської. З квітня 2015 року батальйон входить до складу 58 ОМПБр.
4 лютого 2016 року підрозділи 16 ОМПБ одними з перших зайшли в Авдіївську промзону, яку бригада утримувала 11 місяців. Надалі батальйон виконував завдання біля Кримського на Луганщині (2017–2018), біля Новгородського на Донеччині (2018–2020) та в районі Донецького аеропорту (2021).
Після початку повномасштабного вторгнення батальйон воював на Сумщині та Чернігівщині. Після відходу росіян від Чернігова його перекинули під Бахмут, а далі — до Серебрянського лісу на Луганщині; згодом підрозділи батальйону знову воювали під Бахмутом.